십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.