원인 불명의 해수면 상승으로 인해 지표의 대부분이 바다에 가라앉은 가까운 미래. 어릴 적 사고로 인해 한쪽 다리를 잃은 소년·이카루가 나츠키는, 도시에서의 삶을 포기하고 바닷가 시골 마을로 이주했다. 친척이 없는 그에게 남겨진 것은, 해양 지질학자였던 할머니의 배와 잠수정, 그리고 빚. 나츠키는 "잃어버린 미래"를 되찾기 위해, 수수께끼의 빚쟁이·캐서린과 함께, 할머니의 유산이 잠든다는 해저 창고를 향해 잠수한다. 거기서 찾은 것은, 관 같은 장치 속에서 잠자는 신기한 소녀 --아트리