오타쿠 고등학생인 아키 토모야가 벚꽃이 흩날리는 길에서 운명적으로 만난 것은 평소 별로 눈에 띄지 않는 같은 반 학생 카토 메구미였다. 메구미를 여주인공으로 게임제작을 하기로 마음 먹은 토모야는 원화가로 소꿉친구인 사와무라 스펜서 에리리를, 시나리오 담당으로는 1년 선배인 카스미가오카 우타하를 두고 동인서클 "blessing software"를 만들게 된다. 거기에 음악 담당으로 효도 미치루가 들어오면서 드디어 게임의 루트 하나를 완성해낸다. 2개월 후에 열리는 겨울 코미케에 참가하기로 한 토모야 일행은 과연 무사히 게임을 완성할 수 있을 것인가. 본격 청춘 그래비티, 다시 시작합니다!