이 지구는 우리가 사는 지구와는 조금 다른 세계. 이곳은 이성에 의해 돌아가는 푸른 세계이다. 하지만 다른 세계로부터 나이트플라이 오노트라고 하는 침략자가 나타나 지구를 침공한다. 이에 맞서기 위해 인류는 스칼렛 라이더를 결성했지만 모두 패배하고 만다. 그래서 새로운 소년 5명을 모아 스칼렛 라이더 젝스를 결성하고 17세 연구진 아사기 아키라가 지휘관으로 부임한다. 하지만 아키라가 부임하자마자 나이트플라이 오느트의 침공이 시작되는데... 아키라와 소년들의 청춘과 성장 이야기가 시작된다!