가우나라는 미지의 생물체에 의해 지구가 멸망하였다. 몇명의 인류만 생존하여 우주선 시도니아를 타고 가우나를 피해 새로운 행성으로 도망치고 있었다. 그리고 시도니아의 인간형 병기 모리토를 조종하는 파일럿들은 가우나와 인류의 미래를 걸고 사투를 벌인다. 타니카제 나가테는 시도니아의 깊은 지하에서 할아버지와 살고 있었다. 할아버지는 사망했고, 먹을 음식마저 떨어져서 지상으로 나오게 된다. 우여곡절 끝에 그는 함장의 지시로 모리토의 파일럿이 된다. 그리고 자원 채굴을 위해 처음으로 출격한 타니카제의 앞에 100년 만에 가우나가 다시 나타나는데......