인류는 흉악한 주술력을 가진, 여왕 히미카가 인솔하는 쟈마다이 왕국의 하니와겐진의 습격을 받았다. 그에 맞서 싸운건 시바 센지로 박사가 이끄는 빌드 베이스와 강철 지그. 장렬한 싸움의 끝에 강철 지그는 히미카를 봉인하는 싸움에서 승리했다. 하지만 그와 동시에, 지그와 히미카의 강렬한 에너지가 충돌. 의문의 존이 발생, 주변지역은 존에 휩쓸려 버린다. 그 싸움으로부터 50년 후, 과거의 싸움이 기억 속에서 잊혀져 갈때쯤 하니와겐진은 긴 잠에서 깨어나고… 긴 잠에서 깨어난 하니와겐진에 대항하는 것은 시바 센지로 박사가 인솔하는 신생 빌드 베이스.